Orgue construit au milieu du 19ème, puis restauré par Callinet, puis restauré par Joseph Merklin. En sommeil pendant 40 ans jusqu'à une restauration complète par Michel Jurine entre 2014 et 2024.

Le buffet est séparé en deux corps de chaque côté du vitrail central. La console (claviers et pédalier) est placée entre les deux, sous la fenêtre et devant la machine Barker. Il en résulte un parcours compliqué des transmissions entre la console et les deux corps de l’instrument.
Les tuyaux de GO et de Pédale sont placés dans le buffet de gauche, vu de la nef. Les tuyaux du Positif et du Récit expressif dans celui de droite, le récit étant situé en avant du positif.

Le buffet est en sapin sculpté. Il constitue la structure de menuiserie dans laquelle sont placés les tuyaux et les sommiers de l’orgue. Le buffet sert à cacher et à protéger l’intérieur de l’orgue, mais il fait aussi fonction de porte-voix et de résonateur.

La console se situe entre les deux corps du buffet, face à l'autel de la chapelle. Elle comporte 3 claviers de 54 notes, 1 pédalier de 27 notes et des pédales en cuillères (12).

Les tirants de registres sont disposées de part et d'autres des claviers "en escaliers".

L'instrument est disposé en deux corps avec la console au centre, l'un des deux buffets (côté épître) contient le  grand orgue et derrière la pédale (au sol), l'autre (côté évangile) le récit; le positif est situé derrière ce dernier. Grand Orgue: chromatique, double laye, soupapes en sapin à étriers.

- Positif: diatonique en mitre C /C # basses au centre (2 sommiers) soupapes chêne.

- Récit: chromatique.

- Pédale: diatonique en mitre avec octaves intercalées sur la l ère octave.

Les deux sommiers de pédale et ceux du positif sont antérieurs aux sommiers chromatiques du Grand Orgue et du Récit; la disposition des sommiers de Pédale résulte de la réutilisation d'anciens sommiers prévus à l'origine pour 18 notes (C-f) avec doubles gravures sur la 1ère octave.

Les sommiers du positif qui portent 7 registres ont été construits à l'origine avec 6 chapes; ils ont reçu une chape supplémentaire côté laye (en avant), la tuyauterie a été inversée C pour C#

Mécanique Barker. Machine Barker pour les claviers de Grand-Orgue (1891) et Positif (1912)

Mécanique.

La 440 Hz

• Electrique, changée lors de la restauration, dans le soubassement de l'orgue.
• Deux réservoirs à 2 plis compensés superposés reliés par des gosiers à plis chargés par des briques de fonte dans chacun des soubassements.
• Moteur électrique sous l'orgue à droite en regardant l'instrument.

Un grand nombre de tuyaux de Callinet ont été réutilisés par Merklin. Les Lazaristes possèdent les plus vieux tuyaux de Lyon avec ceux de Saint-Polycarpe et ceux de St Pierre de Vaise.