L'orgue de Saint-Nizier est le 2ème orgue à traction électrique construit par Joseph Merklin (le 1er se trouvant dans le grand temple de Lyon, construit en 1884). Joseph Merklin réalise une prouesse pour l'époque à Saint-Nizier : un grand orgue de 45 jeux, disposé en trois parties distinctes dans l'église, muni de deux consoles.

L'alimentation en électricité se faisait avec des piles.

Buffet monumental en noyer, de style néogothique réalisé en 1888 par l'ébéniste Marteau de Lyon, sur les plans  de l'architecte Benoît. Très bel ouvrage richement orné de colonnettes, crochets, gargouilles. Classement MH le 25 juin 1990.

Joseph Merklin a fourni en 1885 une console de trois claviers pédalier installée dans le choeur, l'organiste jouant face au grand buffet en tribune. Il fournit en 1886 une seconde console placée en tribune permettant de jouer le grand orgue, le récit, les jeux de flûtes et anches de pédale.

Ces deux consoles existent encore aujourd'hui et sont entreposées dans un transept de l'église.

Pédale : un sommier diatonique pour les flûtes et un sommier diatonique (déposé) pour les anches. 

GO : Un sommier chromatique les basses vers l'extérieur.

Récit : Un sommier diatonique les dessus au centre.

Positif (orgue de choeur) : à droite du choeur : un sommier diatonique les dessus au centre les fonds servant aussi  de pédale.

A gauche du choeur : dans une boîte expressive un sommier diatonique, pour les fonds et les anches  les dessus au centre.

Electrique. Electrique, brevet Schmoele & Mols, modifiée par A. Dunand.

Electrique.

Egal

Deux immenses réservoirs dans la tour nord à tables parallèles alimentés par 4 pompes et un ventilateur électrique installé en 1913.

Un réservoir primaire alimenté par un moteur électrique également installé en 1913 au dessus de la porte d'entrée de la sacristie, au centre du choeur. Un réservoir secondaire sous chaque sommier dans les buffets du choeur, alimentés par des porte-vents astucieusement dissimulés dans des boiseries et sous le dallage de l'église.

Tuyauterie de Joseph Merklin. Seule la doublette et la quinte du GO sont d'Athanase Dunand, en remplacement d'un violoncelle de 8'... composition de la fourniture III-IV du GO a été modifiée par Dunand (composition d'origine III-IV-V). Tout le reste est de Joseph Merklin. La tuyauterie du positif et du récit a été relativement épargnée. Les fonds du GO également, mais les anches du GO et de la pédale sont en très mauvais état, la plupart des tuyaux réduits à l'état de crêpes, stockée dans des conditions hallucinantes.

Etat d'empoussièrement et de saleté inimaginable, le dernier nettoyage remontant à 1955...

Orgue malheureusement laissé à l'abandon.