Plusieurs orgues de chœur se sont succèdé depuis le XIXe siècle. L'actuel instrument a été construit par Aristide Cavaillé-Coll en 1865 pour le domicile parisien du baron d’Erlanger. En 1927, les héritiers du baron lèguent l'orgue à la ville de Paris qui le fait installer dans la chapelle de la Sorbonne. C'est en 1986 qui l'instrument est transféré dans l'église Saint Jacques où il sert d'orgue de choeur. L'instrument est presque dans son état d'origine.

Buffet de style néo-renaissance réalisé en 1865-1866 par le sculpteur parisien Michel Liénard. De conception très soignée, il est réalisé en noyer ondé et en chêne de première qualité.

Le soubassement est panneauté et orné de quatre cartouches décorés de motifs en plis de serviettes. Chacun comporte un monogramme aux initiales du baron Émile d'Erlanger, premier propriétaire de l'instrument. 

La façade est composée de deux grandes tourelles à pans coupés de 5 tuyaux chacune. Elles encadrent quatre plates-faces disposées deux à deux de manière symétrique : Deux grandes plates-faces de 5 tuyaux chacune et deux petites plates-faces jumelles, légèrement surélevées de 7 tuyaux chacune. De chaque côté, dans les deux retours du buffet se trouve une plate-face de 5 tuyaux chacune. Les deux plates-faces centrales sont surmontées d'une petite façade en encorbellement simulant le dessin d'un positif. Elle est composée d'une tourelle centrale à pans coupés de 5 tuyaux, encadrée de chaque côté par une plate-face de 4 tuyaux.

Les trois tourelles sont pour chacune coiffées d'un dôme ajouré. Les plates-faces sont surmontées d'un entablement à frise.

De chaque côté du buffet enfin, se trouve deux cloisons en bois ouvragé où s'ouvrent deux portes latérales. Elles donnent accès à la Pédale (à gauche) et au levier de la pompe manuelle (à droite).

Tous les tuyaux de façade sont peints de fins rinceaux et comportent des bouches avec écussons dorés.

Console indépendante et retournée. Les panneaux de la console peuvent s'ouvrir sans l'emploi d'un tournevis.

Le meuble a été réalisé en noyer par le sculpteur parisien Michel Liénard lors de la construction de l'instrument en 1865. A l'instar du buffet, sa décoration est très soignée avec des frises d'oves et de palmettes ainsi que des rinceaux sculptés. Les panneaux latéraux sont chacun ornés d'un phylactère sur lequel sont gravées les notes d'une partition.    

Elle comporte deux claviers manuels de 56 touches chacun. Tirants de registres disposés de part et d'autre des claviers sur deux niveaux. Tirants en chêne, de section ronde avec pommeaux en palissandre comportant chacun une porcelaine gravée au nom du jeu.

Un pédalier à l'allemande de 30 marches, vraisemblablement pas origine (Renaud, 1986 ?). Au dessus du pédalier, les cuillers de combinaisons et la pédale d'expression à bascule. 

Sommiers des manuels d'origine (Cavaillé-Coll, 1865). Ils sont réalisés en chêne et sont de facture traditionnelle à gravures et registres coulissants. Disposition des tuyaux diatonique en V.

Grand-Orgue : Un sommier de 56 notes pour 5 jeux. Sommier placé au revers immédiat de la façade.

Récit : Un sommier de 56 notes pour 7 jeux. Sommier placé dans une boite expressive, en arrière du Grand Orgue et légèrement surélevé par rapport à ce dernier.  

Pédale : Sommier pneumatique de 30 notes pour 2 jeux, non d'origine (Renaud, 1986 ?).

Mécanique. Traction pneumatique pour la pédale.

Mécanique.

Tempérament égal.

440 Hz.

Un ventilateur électrique, posé en 1985 alimente un grand réservoir primaire à tables parallèles et plis compensés (système  Cummins) situé dans le soubassement du buffet. Ce primaire alimente à son tour un réservoir secondaire pour le Grand-Orgue et le Récit, ainsi que deux petits réservoirs pour la Pédale. Avant 1985, cet orgue était alimenté par une pompe manuelle, toujours opérationnelle et dont le levier se situe à la droite du buffet.   

Matériel de très bonne qualité, de Aristide Cavaillé-Coll (1865). Quelques tuyaux de dessus ont été dérobés lors du séjour de l'instrument dans la chapelle de la Sorbonne (1927-1986). Ils ont été remplacés par des tuyaux neufs par Jean Renaud lors de l'installation de l'orgue en l'église Saint Jacques (1986).