La construction de l’actuel instrument remonte à 1586, ce qui en fait l’un des plus anciens de Paris. Il s’agit de l’orgue de la collégiale Saint-Benoît-le-Bétourné (Paris, actuel 5ème arrdt). En 1767, la partie instrumentale est presque entièrement reconstruite par les facteurs Somer et Clicquot. Après la fermeture de la collégiale en 1784, l’orgue est installé en l’église Saint Jacques en 1792. La partie instrumentale est reconstruite par Merklin en 1887, puis par Kern en 1971.

Console en fenêtre, reconstruite par Alfred Kern (1969-1971). 

Elle comprend 4 claviers manuels de 56 touches chacun. Le 4ème clavier ne parle que sur les 37 dernières touches (Sol2 à Sol5). Les naturelles sont plaquées d'ivoire et les feintes sont en ébène.

Tirants de registres de section carrée disposés en colonnes de part et d'autre des claviers manuels. Tirants carrés avec pommeaux en bois tourné, étiquettes de parchemin au dessus de chaque tirant avec le nom des registres calligraphié.

Un pédalier à l'allemande de 30 notes.

Combinaison par cuiller au dessus du pédalier. 

A noter que le Bourdon 16' et la Grande Fourniture IIrgs du Grand-Orgue disposent chacun d'une pédale d'appel spécifique.

Sommiers de Kern (1969-1971), à gravures et registres coulissants.

Positif : Un sommier de 56 notes pour 11 jeux. Disposition des tuyaux diatonique avec les aigus vers le centre. Les 15 premières basses sont toutefois disposées en trois mitres de 5 notes chacune placées sur les côtés et au milieu du sommier. Ce sommier est placé dans le buffet de positif de dos, à la base des tuyaux de façade.

Grand-Orgue et Solo : Un sommier de 56 notes pour 17 jeux, à gravures alternées. Disposition des tuyaux diatonique en mitre (les basses vers le centre). Les 10 premières basses sont toutefois disposées en deux mitres de 5 notes chacune placées de chaque côtés du sommier. Ce sommier est placé dans le grand buffet, au revers immédiat de la façade. Deux pièces gravée pour le dessus de cornet avec disposition des tuyaux en V (les aigus vers le centre).

Récit : Un sommier de 56 notes pour 10 jeux. Disposition des tuyaux diatonique. Sommier placée dans une boite expressive disposée à l'arrière du grand buffet.

Pédale : Deux demi-sommiers de 15 notes chacun pour 9 jeux. Ils sont implantés à l'arrière du buffet, de part et d'autre de la boite expressive du Récit.

Mécanique suspendue. Mécanique foulante pour le Positif.

Mécanique.

Un ventilateur électrique alimente des réservoirs disposés dans le soubassement du buffet. 

Matériel neuf, réalisé par Alfred Kern (1969-1971) en très grande majorité. Tuyauterie coupée au ton, réalisée dans la tradition alsacienne héritée de Silbermann.

Quelques jeux anciens du XVIIIe siècle et de Merklin ont cependant été préservés.

• Jeux du XVIIIe siècle : Cornet Vrgs du GO (le rang de Bourdon 8' a été modifié au XIXe siècle) ; La Trompette 8' et Clairon 4' de Pédale (tuyaux de Clicquot, mais anches changées par Merklin, puis par Kern).

• Jeux Merklin : Au Positif, les basses en bois du Bourdon 8'. Au GO, les basses en bois des Bourdons 16' et 8', la Montre 8' (rallongée et remise au ton), le Gros Nazard 5 1/3' et la Voix Humaine 8'. Au Récit, la Trompette 8'. Au Solo : le dessus de Hautbois (anches changées par Kern et compléments de ce dernier). A la Pédale, les Flûtes 16', 8' et 4'.