Le grand orgue Jean de Joyeuse est érigé dés l'achèvement de la construction de la cathédrale. Il est l'un des plus importants des provinces françaises de la fin du XVII ème siècle. Un chroniqueur non dénué de chauvinisme régional le considérait au beau milieu du XVIII ème comme "l'un des plus beaux du royaume" (fonds Louis Daignan du Sendat, BM Auch).

Il est actuellement le plus grand orgue français Louis quatorzien de notre pays.

Buffet à double corps. Le Grand orgue de 16 pieds à 5 tourelles et 4 plates-faces et le positif de 8 pieds à 3 tourelles et 2 plates-faces. Ce buffet en chêne ciré fut réalisé par le menuisier Payerle  et selon les sources  Jean Berain (ornemaniste du roi) est richement sculpté (notamment les deux panneaux du corps du Go représentant à gauche un roi David jouant de la harpe et à droite une Sainte-Cécile jouant un orgue). Les sommets des deux tourelles latérales sont couronnés de lanternons avec anges musiciens et une statue de la vierge pour la tourelle centrale. Le sommet de la tourelle centrale du positif est couronné d'une statue de Saint-Augustin. Ce buffet est sans conteste l'un des plus beaux de France)

Console en fenêtre sans volets. Quatre claviers aux naturelles plaquées d'ébène et aux feintes plaquées d'os. Les deux premiers sont neufs tandis que les claviers de récit et d'écho sont plus anciens (leur datation fait aujourd'hui débat). Les tirants de registres sont de section carrée dotés de boutons tournés en deux rangées verticales de part et d'autres de la console. Etiquettes collées au dessus des tirants. Pédalier à la française. 

Le banc de l'orgue qui est en réalité un banc-coffre fut reconstitué à partir d'un panneau trouvé dans l'instrument qui s'est révélé être le panneau de soubassement du banc vraisemblablement originel de l'instrument de Joyeuse. Il est à ce jour le seul témoignage connu d'un instrument du XVIIème siècle.

Mécanique. Excellent

Mécanique. Excellent

Inégal à quatre tierces pures (ut, ré, sol, la)

La 415 Hz à 15°

5 soufflets cunéiformes reconstitués. Dans son devis du 29 Janvier 1688 le facteur précise qu'ils seront "aussi faciles à souffler qu'un Garson (sic)de quatorze ans sera capable de les souffler comme un homme de quarante.."

Tuyauterie coupée au ton. Bourdon à calottes soudées. A noter, toutes les languettes d'anches ont été réalisées avec du métal martelé "à l'ancienne" ce qui lui confère un éclat particulier. A noter également la flûte de 4' qui est à biberon. Le grand cornet est  situé au récit ainsi que l'a indiqué Jean de Joyeuse sur la tuyauterie.