L'orgue de Marmoutier est, à juste titre, l'un des plus célèbres d'Europe. Avec celui d'Ebersmunster, il est l'un des seuls instruments des Silbermann d'Alsace à avoir traversé les siècles sans avoir été modifié. Comme l'orgue d'Ebersmunster, Marmoutier est dû à Silbermann "père", c'est à dire André, ou Andreas.

Le buffet, en chêne, date de 1709 et a été construit par Andreas Bender. Contrairement à Gottfried, André et Jean-André ne construisaient jamais leurs buffets (mais en dessinaient les plans). L'ébéniste Bender, installé à Strasbourg, fut le sous-traitant préféré d'André, jusqu'à ce qu'un différent, en 1730, mit un terme à leur collaboration.

Le grand buffet a 7,30 m de haut pour 4,20 m de large et 2,60 m de profondeur, et le petit 2,70 m de haut pour 1,83 m de large et 80 cm de profondeur. Les proportions de l'ensemble sont dictées par des principes géométriques simples. Le style, promu en Alsace par Friedrich Ring, est clairement "classique français", mais moins "parisien" qu'Ebersmunster (5 tourelles). Les tourelles sont rondes, à 5 tuyaux, avec entablement, les plates-faces se terminent horizontalement. Le grand buffet se rétrécit à la ceinture, de façon à ce que le soubassement soit nettement plus étroit (de la largeur d'une grande tourelle de chaque côté) que les superstructures. Celles-ci sont constituées de 3 tourelles, la petite au milieu, et 2 plates-faces. Pour le positif de dos, c'est le modèle à 3 tourelles (la plus petite au milieu) qui a été retenu. On trouve à Marmoutier toute l'ornementation traditionnelle : jouées, rinceaux, claires-voies, frises, culots, copieusement ornés de feuilles d'acanthe. Les couronnements sont des pots à fleurs au grand-orgue, le positif en étant dépourvu. Plus originale est la guirlande de fleurs (ornée d'un ruban) qui descend depuis la tourelle centrale jusqu'à la console : cela n'a été rendu possible que par la hauteur peu commune du soubassement.

Façade en étain, d'origine. Aplatissages en triangle, sauf pour les grandes tourelles du grand-orgue (écussons rapportés en plein cintre) ainsi que pour les tuyaux centraux des plates-faces du grand-orgue, et des autres tourelles.

A l'origine prévu pour être placé sur un jubé, ce buffet a été placé en tribune peu avant la Révolution. La pédale fut relevée à cette occasion (et pas du tout en 1955 comme on peut le lire parfois). Ceci permet de montrer la Flûte 16' entre les tourelles du grand-orgue, et donne toute sa personnalité à l'orgue de Marmoutier, en constituant un arrière plan boisé en forme de mitre. Depuis 2010, ces tuyaux sont à nouveau ceux d'André Silbermann (1710) ; ils correspondant au seul jeu de pédale installé à l'origine (qui n'avait même pas de tirant).

Console en fenêtre.

Mécanique.

Mécanique.

Tempérament égal.

La= 392 Hz

Trois soufflets cunéiformes réalisés en fac-similé de Stiehr par Blumenroeder en 2009.

Tuyauterie de André et Jean-André Silbermann en très grande majorité. 

• Sont de André Silbermann :

-La tuyauterie du Positif, à l'exception du Cromorne 8'. Certains tuyaux du Nazard 2 2/3' sont du XXe siècle.

-La tuyauterie du Grand-Orgue.

-La Flûte 16' de Pédale.

• Sont de Jean-André Silbermann :

-Le Cromorne 8' du Positif.

-La tuyauterie du Récit.

-La tuyauterie de Pédale, à l'exception de la Flûte 16'.