L’orgue de Saint-Germain-l'Auxerrois provient de l’ancien instrument de la Sainte-Chapelle, construit en 1771 par François-Henri Clicquot et transféré par Pierre Dallery, avec intégration de matériel provenant d'autres instruments parisiens.

Après les restaurations de Louis-Paul Dallery (1838) et Ducroquet (1850), l'orgue a été remanié par Merklin en 1864.

Dans les années 70, Maciet modifie la composition et Laurent Plet effectue en relevage en 2008.

Le buffet aurait été dessiné par Pierre-Noël Rousset et réalisé par le menuisier Lavergne afin d''y loger l'instrument à la Sainte-Chapelle. Cette attribution n'est pas sans poser quelques interrogations : d'une part, les dimensions du grand buffet de Saint-Germain-l'Auxerrois laissent difficilement imaginer son intégration dans la Sainte-Chapelle ; d'autre part, son vocabulaire décoratif néo-classique et son mouvement concave, sans véritable tourelle autre que les tourelles latérales, semblent très modernes pour la date du dessin de Rousset (années 1750).

La console actuelle est celle de Joseph Merklin, placée en fenêtre au centre du grand buffet.

Les tirants, de section ronde et munis de porcelaines blanches au grand-orgue, oranges au positif, bleues au récit et jaune à la pédale, sont disposés en colonnes de part et d'autre des claviers. Les tirants du positif sont situés légèrement à l'extérieur de la fenêtre. Les accouplements, appels ainsi que l'expression se font par pédales à accrocher.

Une plaque de Joseph Merklin est située au-dessus du 3ème clavier.

Mécanique Barker.

Mécanique.

Égal

L'alimentation est assurée par deux réservoirs à plis parallèles superposés et placés dans une pièce située plus bas que la tribune.

La tuyauterie est très hétérogène mais contient encore une vingtaine de jeux du 18ème siècle.