L'orgue a été construit en 1704 par Claude Legros. Traversant le 18ème siècle sans encombre, il fut modifié et agrandi par Pierre Rivinach en 1846.

Diverses modifications à la transmission ou à la soufflerie ont été apportées successivement par Didier-Van-Caster puis Roethinger.

Des transformations très contestables, qui lui valurent une interdiction d'accès à l'orgue, ont été réalisées par l'organiste titulaire dans les années 1970.

Élégant buffet de style Louis XIV correspondant parfaitement à la décoration moderne et de bonne grâce promise par Legros dans son devis.

Le grand buffet possède 3 tourelles, les plus grandes aux extrémités, dont les culots sont ornés de masques barbus. La date de construction se retrouve sous l'ange de la tourelle centrale. Au sommet de celle-ci se trouvait l'emblème des Jésuites qui fut remplacé par un ange musicien, probablement vers 1770. 

Le positif possède également trois tourelles, disposés à l'inverse de celles du grand-orgue.

Les tuyaux de façade ne sont plus d'origine, ceux du grand-orgue sont signés Rolin frères, tuyautiers troyens.

La console est en fenêtre, fermée par 4 battants de portes. A l'extérieur du cadre de la console, 16 trous correspondant aux tirants de section carrée de Legros.

Les claviers sont postérieurs à Rivinach, munis de naturelles plaquées d'ivoire et de feintes en ébène. Les tirants, de section ronde et munis de porcelaines blanches, sont disposés verticalement de part et d'autre des claviers.

Les accouplements et appels se font par pédales à accrocher.

Les sommiers de l'instrument sont ainsi disposés :

• le sommier du positif est de Legros, à gravures, chromatique avec ravalement diatonique pour la première octave. Construit pour 48 notes, il a été agrandi à 54 notes.
• deux sommiers à gravures pour le grand-orgue, de Rivinach, diatoniques avec basses aux extrémités
• un sommier à gravures pour le récit, diatonique avec basses aux extrémités
• deux sommiers à gravures pour la pédale, diatoniques avec basses aux extrémités
  

Mécanique. Mécanique presque entièrement de Rivinach.

Mécanique. Les rouleaux octogonaux sont en partie de Legros.

Égal

La = 435 Hz

La soufflerie se compose de deux réservoirs à deux plis rentrants, placés à droite de l'orgue, dans le bas-côté Nord.

S'il reste encore beaucoup de tuyauterie de Legros - environ 850 tuyaux -, elle a été fortement transformée, décalée, mélangée... Il en est de même pour les tuyaux de Rivinach.

L'ensemble est en très mauvais état et les méthodes d'accord employées endommagèrent encore davantage les tuyaux : pincés au sommet, encoches d'accord grossières, usage de ruban adhésif...