L'actuel Grand-Orgue de l'église Saint-Pierre de Besançon a connu d'assez nombreuses transformations, entre sa construction par François Callinet, jusqu'à sa dernière restauration par Daniel Kern. Cette restauration, réalisée entre 1997 et 1998 a consisté en une remise en état de l'orgue tel que Joseph Callinet l'a reconstruit, ou du moins au plus proche de cet état pour les plans principaux.

Selon certaines sources, les buffets en chêne sculpté et orné, auraient été réalisés avant 1809. Ils sont de facture classique, avec un grand corps de huit pieds en montre et un petit buffet de quatre pieds pour le positif. Il est probable que François Callinet soit l'auteur de ces buffets. D'autres sources attribuent les buffets à Joseph Callinet (1834), qui aurait utilisé ce dessin à quatre tourelles, (les petites au centre et un décor arrondi du haut des plates- faces), comme il venait de le faire à Mollau. 

Cependant, l'hypothèse selon laquelle Joseph Callinet se serait inspiré du style de Saint-Pierre de Besançon quand il a construit l'orgue de Mollau, n'est pas dépoourvue de bon sens. L'orgue de Saint-Pierre serait-il à l'origine du "style Callinet" à 4 tourelles et 3 plate-faces?

La console est en fenêtre, au centre du grand buffet, fermée par des portes. Les quatre claviers ont les naturelles plaquées d'ébène et les feintes rehaussées d'os.

Les tirants sont disposés en colonnes de part et d'autre des claviers (du haut vers le bas: écho, récit, grand-orgue, positif et pédale. L'accouplement du positif est à tiroir, la tirasse grand-orgue se fait par tirant, l'accouplement du récit et l'expression se font par cuillère.

Les sommiers à gravures sont diatoniques (G.O et Pos) et chromatiques (Echo, pédale). On trouve à coté du sommier de pédale un petit sommier qui supporte les tuyaux de l'extension grave du récit (hors boite expressive).

Mécanique. Mécanique neuve, de Kern, en copie de Callinet.

Mécanique. Mécanique neuve, de Kern, en copie de Callinet.

Égal

La = 435 Hz à 15 °C

La soufflerie est installée dans une pièce indépendante, à l'arrière de la tribune, dans la tour de l'église. Un ventilateur électrique alimente deux gros réservoirs à plis parallèles.

Une grande partie de la tuyauterie des Callinet a été conservée.  Les jeux neufs de Kern ont été reconstitués en copie de Callinet, notamment :

• au positif : dessus de Prestant 4, basses de la Flûte 4-8, Doublette 2, Tierce, Cornet III, Trompette 8, Cromorne 8, une partie de la Fourniture
• au grand-orgue : dessus de la Montre 8 et du Prestant 4, Plein-Jeu VII, 1ère Trompette 8, basses de Bombarde, rang de tierce du Cornet
• au récit : Voix humaine 8 et Cornet IV
• à l'écho : ensemble de la tuyauterie
• à la pédale : Soubasse 16, Violoncelle 8, une grande partie des anches et compléments aigus
  

Une partie de la tuyauterie (pédale et extension récit), située à l'arrière du buffet n'est pas protégée. Les tuyaux et les sommiers correspondants recoivent une importante quantité de gravas et poussières provenant de la dégradation de la voute: ORGUE EN DANGER!