Construit en 1758 par Claude Saumet, l'orgue est reconstruit dans le même buffet par Joseph Callinet en 1844. Situé sur une tribune jusqu'en 1970, il est transféré dans le choeurà cette date. En 1985, Bernard Aubertin le restitue dans l'esprit de 1845 et le dote d'un positif de dos. L'orgue passe à 35 jeux répartis sur 3 claviers et pédalier.

Le buffet du grand orgue, en sapin et chêne massif, est formé de 3 tourelles arrondies (les plus hautes étant aux extrémités) reliées par 2 plates-faces. Le buffet du positif, en chêne massif, reproduit en le simplifiant celui du grand orgue : 2 tourelles arrondies encadrent 1 plate-face divisée en 2 parties par un montant vertical. Les charpentes sont de 1982; ainsi que le piedestal de 70cm qui relève l'ensemble.

Bernard Delaval, doreur sur bois, orne les parties sculptées.

Console en fenêtre. Le bloc de trois claviers neuf a été confectionné en copie de celui de Sainte-Croix en Plaine (Haut Rhin). Les tirants de registres sont ornés de pommeaux en poirier selon le modèle Callinet.

Sommiers à gravures. Diatonique au Grand-Orgue; chromatique avec ravalement pour le Positif et le Récit, diatoniques à la pédale. Les sommiers anciens sont de Joseph Callinet. Les sommiers neufs (positif et pédale) sont en chêne massif.

L'orgue, à transmission mécanique, est composé de 3 claviers (positif et grand orgue de 54 notes ; récit de 42 notes) et d'1 pédalier de 27 notes. 

Il subsiste une chape libre du GO sur laquelle on envisageait de poser une Montre 16, l'orgue devant être installée dans une nouvelle et grande église, projetée en 1840, mais jamais réalisée.

Mécanique. Mécanique entièrement neuve (1982) en copie des éléments anciens subsistants à Pontarlier

Mécanique. Mécanique entièrement neuve (1982) confectionnée selon les usages de Callinet

inégal : 1/2 ton en dessous de l'accord normal.

427,5 Hz

Ventilateur électrique; réservoir à doubles plis compensés.

La tuyauterie peut être répartie en 4 catégories:

+ Les tuyaux intérieurs en plomb, la façade et 12 basses de bourdon en chêne datent de 1758.

+ Les tuyaux Callinet composent la majeure partie.

+ La gambe du récit et la bombarde 16' datent de 1868.

+ Des tuyaux de 1972 (doublette et fourniture GO; cymbale récit)

Lors de la restauration de 1982, une grande partie des tuyaux en bois a dû être remplacée par des copies; tous les tuyaux en métal ont été rallongés pour retrouver le diapason d'origine, sauf certains résonnateurs d'anches entaillés et des tuyaus intérieurs de la Montre 8'.