L ’orgue de Saint-Patrice fut commandé en 1662 à Claude de Villers et achevé en 1666 par son fils.

Enrichi à plusieurs reprises, l'instrument d'Ancien Régime a subsisté jusqu'à son remplacement en 1876 par un orgue neuf d'Hubert Krischer.

De 1953 à 1955 la société Michel-Merklin-Kuhn reconstruit les sommiers, la console et les transmissions, tout en conservant la tuyauterie de l'orgue de 1876. Ces travaux sont inaugurés par Pierre Cochereau le 6 avril 1956.

Boiseries de 1661-1662, œuvre du huchier Robert Barnabé et du sculpteur Noël Jouvenet.

Elles comprennent 4 parties dont trois «postiches» (un buffet de Positif principal au centre et deux petits Positifs postiches à gauche et à droite sur la tribune). Au G.O. cinq tourelles: celles de l’extérieur et celle du centre de cinq tuyaux et, fait remarquable deux tourelles d’un seul tuyau, seul exemple connu à Rouen de ce motif fréquent en France au XVIe. Les plates-faces sont cintrées.

Console de 1955, encastrée dans le soubassement, face au grand buffet. Deux claviers de 61 notes, pédalier de 32 notes.

Appels des jeux, des combinaisons et de toutes tirasses et accouplements par dominos.

Au pied, de part et d'autre de la bascule d'expression: tirasses et accouplements usuels en  8' et trois combinaisons ajustables.

Sous le clavier du G.O. boutons d’appels des trois combinaisons ajustables et des quatre combinaisons fixes.

Sommiers diatoniques en deux parties pour le G.O. et chromatiques en quatre parties pour le Récit, à cases (système à membranes).

Electro-pneumatique.

Electro-pneumatique.

Égal

Un grand réservoir à double pli dans le soubassement (alimenté par ventilateur électrique).

Malgré la reconstruction des structures en 1955, la quasi-totalité de la tuyauterie Krischer de 1876 a été réemployée, sans modification des paramètres. Seuls 3 jeux complets ont disparu : Quint 2 2/3 GO, Voix humaine 8 Récit et Octave 4 Pédale.