Instrument construit par le facteur d'orgues Michel Merklin en 1902-1903. Mis à part la transformation d'un jeu en 1970, cet orgue a conservé ses caractéristiques d'origine. En 1983, un incendie détruit la console qui ne sera jamais reconstruite. L'instrument est donc muet depuis cette date. 

Buffet clos avec façade de style néo-classique.

La façade est plate est comporte une grande plate-face centrale de 11 tuyaux. Elle est encadrée par deux petite plates-faces de 5 tuyaux chacune. Ces trois plates-faces sont délimitées par des pilastres. 

Les deux plates-faces latérales sont chacune surmontées d'un entablement plat couronnée par une volute. La plate-face centrale est quant à elle surmontée par un entablement en casquette de gendarme comportant les armes de Monseigneur François-Alexandre Maillet, évêque de Saint-Claude de 1898 à 1925 (lors de la construction de l'instrument). L'ensemble est sommé par un mascaron orné d'une croix.

Console indépendante et retournée située dans le chœur, devant les stalles. Elle a été détruite lors de l'incendie de 1983. Elle n'a jamais été reconstruite depuis.

Elle comportait deux claviers manuels transpositeurs de 56 touches chacun. Les naturelles étaient plaquées d'ivoire et les feintes étaient en ébène. 

Tirants de registres de section ronde avec pommeaux chantournés comportant pour chacun une porcelaine gravée au nom du registre. Ils étaient disposés en gradins de part et d'autre des claviers. 

Un pédalier à l'allemande de 30 marches.  

Cuillers de combinaisons et pédale d'expression à bascule disposées au dessus du pédalier.

Grand-Orgue et Récit : Un sommier unique à gravures et registres coulissant, de Merklin (1902-1903). Sommier de 56 notes pour 11 jeux. Disposition des tuyaux diatonique en V avec aigus au centre. La partie Grand Orgue est placée à l'avant, au revers immédiat de la façade, la partie Récit est disposée à l'arrière du sommier, séparée du Grand Orgue par une cloison comportant les jalousies.  

Pas de sommier pour la pédale, les deux jeux étant empruntés au Grand-Orgue.

Mécanique.

Pneumatique basse pression.

Tempérament Egal.

440 Hz

Un ventilateur électrique alimente deux réservoirs à plis parallèles.

Le matériel d'origine Merklin (1902-1903) est presque intégralement en place. Seul le Salicional 8' du GO a été recoupé et complété en Quinte 2 2/3' en 1970 par Philippe Hartmann.