Orgue construit au milieu du 19ème, puis restauré par Callinet, puis restauré par Joseph Merklin. En sommeil pendant 40 ans jusqu'à une restauration complète par Michel Jurine entre 2014 et 2024.

Le buffet est séparé en deux corps de chaque côté du vitrail central. La console (claviers et pédalier) est placée entre les deux, sous la fenêtre et devant la machine Barker. Il en résulte un parcours compliqué des transmissions entre la console et les deux corps de l’instrument.
Les tuyaux de GO et de Pédale sont placés dans le buffet de gauche, vu de la nef. Les tuyaux du Positif et du Récit expressif dans celui de droite, le récit étant situé en avant du positif.

Le buffet est en sapin sculpté. Il constitue la structure de menuiserie dans laquelle sont placés les tuyaux et les sommiers de l’orgue. Le buffet sert à cacher et à protéger l’intérieur de l’orgue, mais il fait aussi fonction de porte-voix et de résonateur.

La console se situe entre les deux corps du buffet, face à l'autel de la chapelle. Elle comporte 3 claviers de 54 notes, 1 pédalier de 27 notes et des pédales en cuillères (12).

Les tirants de registres sont disposées de part et d'autres des claviers "en escaliers".

Mécanique Barker. Machine Barker pour les claviers de Grand-Orgue et Positif

Mécanique.

Electrique, changée lors de la restauration

La dernière expertise en date effectuée par le Père Maurice Rousseau, expert Assistant à maîtrise d’ouvrage, montre qu’un grand nombre de tuyaux de Callinet ont été réutilisés par Merklin. Ce qui suppose d’une part que les Lazaristes possèdent les plus vieux tuyaux de Lyon avec ceux de Saint-Polycarpe et ceux de St-François-de-Sales, et d’autre part, que si l’orgue est bien restauré, on retrouvera en partie la sonorité qu’il avait en 1854.